La MAGZI compte deux organes de gestion:
- Un Conseil d'Administration;
- Une Direction Générale.
Le Conseil d’Administration compte douze (12) membres représentant les Ministères et organismes suivants :
- Secrétariat Général des Services du Premier Ministre ;
- Ministère de Mines, de l’industrie et du Développement Technologique ;
- Ministère des Finances ;
- Ministère de l’Administration territoriale ;
- Ministère de l’Economie, de la Planification et de l’Aménagement du Territoire ;
- Ministère de l’Habitat et du Développement urbain ;
- Ministère des Domaines, du Cadastre et des Affaires Foncières ;
- Port Autonome de Douala ;
- Chambre de Commerce, de l’Industrie, des Mines et de l’Artisanat ;
La Direction Générale comprend:
- Un Cabinet ;
- Une Direction Administrative et Financière;
- Une Direction Technique;
- Une Direction Commerciale et Marketing;
- Une Direction des Affaires Juridiques;
- Des Agences / Antennes / Bureau pour les représentations décentralisées.