La MAGZI compte deux organes de gestion:

• Un Conseil d'Administration;
• Une Direction Générale.

Le Conseil d’Administration compte douze (12) membres représentant les Ministères et organismes suivants :

• Secrétariat Général des Services du Premier Ministre ;
• Ministère de Mines, de l’industrie et du Développement Technologique ;
• Ministère des Finances ;
• Ministère de l’Administration territoriale ;
• Ministère de l’Economie, de la Planification et de l’Aménagement du Territoire ;
• Ministère de l’Habitat et du Développement urbain ;
• Ministère des Domaines, du Cadastre et des Affaires Foncières ;
• Port Autonome de Douala ;
• Chambre de Commerce, de l’Industrie, des Mines et de l’Artisanat ;

La Direction Générale comprend:

• Un Cabinet ;
• Une Direction Administrative et Financière;
• Une Direction Technique;
• Une Direction Commerciale et Marketing;
• Une Direction des Affaires Juridiques;
• Des Agences / Antennes / Bureau pour les représentations décentralisées.